В постоянных экспозициях отражена история Байкальского университета, представление которых сформировано на основе архивных документов, кинофотоматериалов и личных воспоминаний преподавателей, сотрудников и выпускников. Экспонаты музея, среди которых есть уникальные реликвии, раскрывают учебную, научную и культурно-просветительскую деятельность профессорско-преподавательского состава, научных сотрудников, студентов университет.
Зал истории повествует о выдающихся и легендарных руководителях университета, о деятельности в разное время факультетов, институтов, кафедр и служб.
В настоящее время в фондах Зала истории БГУ насчитывается около тысячи единиц хранения, значительную часть которых составляют подлинные документы и фотографии, книги и предметы, принадлежавшие известным ученым БГУ, награды и подарки университету. Все фонды систематизированы по тематико-хронологическому принципу, особая их часть – личные коллекции преподавателей и студентов. В музее также есть библиотека. Материалы музея широко используются, в том числе для подготовки научных работ студентов и сотрудников. В музее проводятся обзорные экскурсии, учебные занятия, встречи выпускников.